Рыжиков начал свой футбольный путь ещё в 1998 году в «Осколе». Большую часть карьеры Сергей провёл в казанском «Рубине». Также он трудился на благо «Салют-Энергии», «Сатурна», «Анжи», «Локомотива», «Томи» и «Крыльев Советов».
Рыжиков помог «Рубину» дважды выиграть чемпионат России под руководством Курбана Бердыева.
