Исаенко — воспитанник «Краснодара», за молодёжные команды которого выступал до лета 2023 года, после чего перешёл в подмосковные «Химки». В прошлом сезоне он играл в аренде за калининградскую «Балтику», с которой выиграл Первую лигу.
За всю карьеру в Первой лиге Исаенко провёл 123 матча, забил 3 гола и отдал 10 результативных передач. В РПЛ на его счету 12 игр и одна результативная передача.
